1990年海湾战争期间，沙特和伊朗都对伊拉克入侵科威特表示谴责，并反对武力解决地区问题，双方关系有所解冻。1991年，两国恢复了1987年因朝觐者死亡而中断的外交关系。1997年，哈塔米当选伊朗总统后推行温和的外交政策，意图进一步改善同沙特等海湾国家的关系。
1932年成立的沙特阿拉伯王国，自建国起便将原教旨主义的逊尼派瓦哈比派定为国教。在瓦哈比派眼中，什叶派是需要反对的“异端”。而在现代沙特，瓦哈比主义又被王室赋予了维护国家统一和政权稳定的功能。这种“自上而下”的宗教意识形态，自然与波斯湾对岸“自下而上”的伊斯兰革命理想水火不容。
美国资深记者和评论员戈什（BobbyGhosh）在彭博社的外交事务专栏指出，沙特尽管与伊朗签署了和解协议，也不会忽视来自伊朗的直接威胁。这包括伊朗的核野心、生产射程越来越远的弹道导弹，以及据报道购买最先进的俄罗斯战机。
2016年，沙特阿拉伯处决了一名著名什叶派教士，随后愤怒的民众袭击了沙特驻德黑兰大使馆，两国因此断绝了关系。利雅得指责这位神职人员和伊朗本身在干涉沙特内政。伊朗否认了所有的干涉指控，并多次呼吁波斯湾国家和平共处，共同解决所有地区冲突和问题。
