李定国计谋未成,原有部署全部被打乱,两军很快混战在一起。纵使南明军作战勇猛,也完全处于劣势。漫山草木尽被鲜血染红,此战,南明军死伤过半,李定国竭蹶救亡,难于登天。
为了不泄露永历帝行踪,李定国带领残兵败将,特意选择另一条路撤离,并不时与清军周旋,在孤立无援的情况下坚持打了整整三年的游击战。在此期间,李定国连续上疏永历帝都杳无音讯。
他不知道,永历帝已被缅王挟持,沦为客囚,随时有性命之危。当吴三桂大军来到缅甸边境时,声称要过江屠城,缅王惶恐,将永历帝献上。那时,这个流浪皇帝的身边只有二三宫女,和一个跛脚的侍卫。
1662年,吴三桂上疏清廷,请求在云南就地处决永历帝。吴三桂为向清廷献媚,甚至要将永历帝和他12岁的太子斩首。反倒是和吴三桂一同出征的两个满人将领于心不忍,劝说道,永历也曾为君,给他留个全尸吧。四月十五日,南明最后一个皇帝朱由榔被吴三桂用弓弦绞杀,结束了近二十年的逃亡生涯。
抗清的最后一面旗帜轰然倒塌。数日后,李定国得知此噩耗,带着未报的国仇家恨,追随大明而去。历史学家顾诚认为,李定国之死标志着大西军余部抗清斗争的结束。李定国病逝后,他的部下们群龙无首,大难临头各自飞,很多走上了降清的道路,就连李定国的儿子李嗣兴也接受了清朝授予的都统品级,忘记了父亲的遗言。